إستحدثت مديرية الهندسة الطبية مع بداية عام 2001 وذلك ضمن خطة وزارة الصحة الهادفة إلى إيجاد جهة متخصصة ومسؤولة عن كافة الأمور المتعلقة بالأجهزة الطبية ، وقد تم رفد المديرية بالكوادر الهندسية والفنية والإدارية المؤهلة للقيام بالمسؤوليات المناطة بهــا .

ونظراً لتشتت الجهات التي تخدم عملية إصلاح وصيانة الأجهزة الطبية ما بين الجمعية العلمية الملكية والوزارة والوكلاء المحليين فقد تم من بداية عام 2001 توقيع إتفاقية التعاون الفني بين وزارة الصحة والجمعية العلمية الملكية والتي من خلالها تم دمج الكوادر الفنية لدى الفريقين بحيث أصبحت المديرية تضم (185) مهندساً وفنياً موزعين على أقسام ومشاغل المديرية المختلفـة منهم ستة من حملة شهادة الدكتوراة وأربعة من حملة الماجستير. كما تضم مديرية الهندسة الطبية (17) سبعة عشر مشغلا لصيانة الأجهزة الطبية موزعة على مستشفيات وزارة الصحة ومشغلا مركزياً في المديرية يضم عشرة مجموعات مركزية فنية متخصصة.